（一）心理治疗对2/3病人有效。治疗胃肠功能性疾病的关键在于解除心理障碍调整脏器功能。如果患者怀疑或忧虑自己患了某种疾病，医生进行针对性检查，解除疑虑稳定了情绪，这本身也是一种治疗手段。
（二）支持疗法除非患者全身情况很差，一般不需卧床休息。生活有规律，适当体育活动，可增强体质，加速神经功能恢复。神经性厌食者伴严重营养不良、鼻胃管进食又引起腹泻的患者，需静脉输入营养。高纤维素食物可缓解IBS病人的症状。
（三）药物治疗短期给予三环类抗抑郁药对具有明显精神症状的患者有用，在痉挛性腹痛的IBS患者，抗胆碱能药物双环维林（dicycomine10～20mg，3～4次/d）可减轻餐后腹痛和便意窘迫；钙拮抗剂得舒特50mg 3次/d可减少餐后锋电位活动的增加，薄荷油0.2ml饭前服用，可松弛平滑肌均对腹痛有一定缓解作用，洛哌丁胺（易蒙停2mg 4次/d）对腹泻型IBS有效。
（四）中医治疗
1.神经性呕吐如除呕吐外无其他见证，可用小半夏获苓汤加减以止吐，对轻症患者有效。
2.吞气症可用旋复代赭汤加减治疗。
3.肠激惹综合征若有腹痛而泻，胁肋满闷及脉弦，则为肝脾不和，可用痛泻要方加减。若每天于黎明前腹鸣而泻、腹凉肢冷，舌淡脉弦细，为脾肾阳虚，用附子理中汤合四神丸加减进行治疗。
（五）其他治疗
针灸、理疗等有时有效，可按具体情况采用。
武汉国医堂医院胃肠科是省级重点科室，是湖北省唯一一家严格按照世界卫生组织诊疗规范设立的专业胃肠道疾病研究与诊疗中心，是一所集临床医学研究、临床信息采集胃肠病专病特色的防治机构，已经形成一套较完整的治疗胃肠疾病的有效方法。
武汉胃肠医院科室中西医结合，既有中医世家研发的“秘方”，同时引进国际先进的诊疗技术和设备，如湖北省独家引进“美国CTS胃肠三维无痛诊断系统”，真正实现胃肠病检查不插管、不下镜，并结合幽门螺杆菌检测和无痛电子肠胃镜，精确筛查胃肠癌；引进“欧姆纳米波疗法”、肠道透析疗法，独创40年国医之精粹“中西医平衡三维疗法”等专利治疗技术，形成了优越的技术特色和专业优势，被誉为“湖北省胃肠病第一品牌”。
